Em seguida, o Araguari prosseguiu viagem até o praticamente inatingível Arquipélago de São Pedro e São Paulo, no meio do Oceano Atlântico, a parte mais inóspita do território brasileiro. O arquipélago é formado por um conjunto de pequenas ilhas rochosas e pedregosas pertencente ao estado brasileiro de Pernambuco. Trata-se da única exposição mundial do manto abissal acima do nível do mar. Darwin ali desembarcou na manhã de 16 de fevereiro de 1832, na primeira parte de sua viagem ao redor do mundo.